결핵균은 자연상태에서 유전자 돌연변이에 의해 결핵약제에 대한 내성을 가지고 있기 때문에 초기결핵 치료에 한가지 약제를 사용하지 않고 3-4가지 약제를 동시에 투여하여 내성균을 사멸하게 됩니다. 다제내성(MDR, Multi-drug resistant) 결핵이란 결핵균이 1차 항결핵약제 중 아이나(isoniazid)와 리팜핀(rifampin)에 대한 내성을 가진 상태를 말합니다. 다제내성에 더하여 2차 항결핵제중 가장 효과적인 quinolone계열 약제(ofloxacin, levofloxacn, moxifloxacin 등)중에서 1가지 이상과 amikacin, capreomycin, kanamycin 중 1가지이상에 동시에 내성을 보이는 상태를 광역내성(XDR, extensive drug resistance) 이라고 분류합니다. 현재 우리나라의 다제내성 결핵은 전체 결핵 중 약 10.5% 정도를 차지합니다. 초치료 2.7%에 비해 재치료의 경우 14%로 높습니다. 치료를 조기에 중단하거나, 약물을 불규칙적으로 복용하거나 잘못된 치료 처방에 의해서 생기는 획득내성의 경우가 많습니다. 따라서 초기 결핵치료를 확실히 이행하는 것이 중요하다 하겠습니다. 내성의 유무는 결핵균 배양검사에서 양성으로 나오면, 배양된 결핵균을 가지고 약제에 대한 감수성검사를 실시하여 알 수 있습니다. 결핵균은 느리게 자라는 균으로 배양양성이 나오는데 약 4-8주가 걸리며, 약제감수성검사도 이정도의 시간을 요하기 때문에 감수성검사결과는 처음 결핵균 배양검사 후 약 3-4개월 정도 소요됩니다. 다제내성 결핵은 항결핵제 중 가장 강력한 두가지 약제에 대한 내성이므로, 치료기간은 당연히 길어질 수밖에 없습니다. 치료는 내성을 보이는 약제를 제외하고 주사제를 포함한 4-6가지 감수성 약제를 투여하게 되며 객담결핵균 배양검사에서 결핵균이 음전되고 이 상태가 최소 18개월은 지속되어야 치료를 종결하게 되며 대략 18-24개월은 걸리게 됩니다. 2009년 7월부터 다제내성 결핵은 희귀 난치질환으로 인정되어 진료비 본인부담이 외래와 입원 모두 10%로 장기치료에 소요되는 진료비에 대한 개인 부담을 국가에서 보조하고 있습니다.