3개월 미만 영아에서는 영아 산통이 가장 흔한 원인이고, 3개월 이후에는 급성 장염, 장중첩증, 감돈 탈장, 장축 염전증 등이 주 원인이 된다. 학동 전기나 학동기 아동에서는 맹장염이나 요로 감염증이 흔한 원인이다. 사춘기에서는 만성 염증성 질환, 궤양성 질환, 부인과적 질환 등을 생각해야 한다.
3개월 이상 만성적으로 심한 복통이 3회 이상 계속되며 학동기 아동의 10%에서 경험하고 사춘기 특히 9-13세에 흔하다. 기질적인 원인에 의한 복통이 10% 미만이며 통증이 배꼽에서 멀거나 밤에 자다가도 복통이 오는 경우 기질적인 원인이 의심된다. 기질적인 원인으로는 소화성 궤양, 만성 염증성 질환, 과민성 대장 증후군, Meckel 게실이 있다.